Фамилия Шалупня образована от аналогичного прозвища, в основе которого лежит нарицательное «шалупня», имеющее значение «ненужные вещи; грязь, пыль, сор». Вероятно, таким прозвищем нарекли неаккуратного человека, не следившего ни за собой, ни за порядком в доме. Однако, не исключено, что в основе фамилии лежит слово «шалупня» в значении «шпана». В этом случае так могли прозвать хулигана. Существует гипотеза, по которой прозвище Шалупня восходит к украинскому слову «шалупайка» - «корка». Тогда так могли прозвать «черствого» человека. Согласно другой версии, фамилия Шалупня восходит к нарицательному «шалуп» - «разновидность шлюпа». В этом случае основатель рода Шалупни мог быть моряком, а прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка.