Фамилия Шалюпин — одна из тех, где на первый взгляд ясная основа на поверку оказывается неочевидной. Если отбросить фамильный суффикс -ин (указывающий на принадлежность «чей?» — сын человека по имени или прозвищу Шалюпа), то остается корень «Шалюп-». Казалось бы, здесь напрашивается связь с глаголом «шалить» или словом «шалун». Однако фонетика мешает: в «шалуне» корень «шал-», а в «Шалюпине» — «шалюп-». Прямое родство маловероятно.

Более убедительная версия отсылает к диалектному слову «шалюпа» (или «шалапа»). В русских говорах, особенно на юге и западе, так называли неопрятного, неряшливого человека, разиню, ротозея. Слово это экспрессивное, презрительное, но в основе прозвища могла лежать не столько злая насмешка, сколько характерная черта внешности или поведения. Прозвище Шалюпа — а от него и фамилия — мог получить нерасторопный или небрежно одетый человек.

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Шалапин (с корнем «шалап-»). Варианты с «а» и «ю» в корне (Шалапин / Шалюпин) — типичное явление для русских говоров, где звуки могли чередоваться. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Шалюпин не выделяется отдельно, но её модель образования типична для прозвищ, описывающих внешность или характер. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин указывает, что прозвище скорее всего оканчивалось на -а или -я (Шалюпа, а не Шалюп).

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без явного гнезда в одном регионе. Это говорит о том, что прозвище было локальным, а не общерусским. Носителей фамилии Шалюпин немного, и в дореволюционных списках она почти не фиксируется — возможно, из-за того, что исходное слово считалось грубоватым и в официальных бумагах заменялось на более благозвучные варианты. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, без связи с дворянскими родами.