Фамилия Шалюпо — редкий случай, когда прозвище застыло почти без изменений, минуя типичные русские суффиксы -ов, -ин или -ский. Её основа — глагол «шалить» в значении «проказничать, дурачиться, баловаться». Форма на -юпо (Шалюпо) указывает на украинское или белорусское происхождение: в этих языках прозвища нередко оформлялись окончанием -о, а суффикс -юп- встречается в диалектных вариантах. Человек по прозвищу Шалюпа — тот, кто любит пошалить, озорник, баловник.

Версия о связи с польским szalupa («шлюпка, лодка») маловероятна: фамилия не имеет географических точек опоры в районах речного судоходства, где такая основа была бы уместна. Гораздо убедительнее славянское гнездо «шал-»: тот же корень в словах «шалый», «шалить», «шалун». Суффикс -юп- мог возникнуть из диалектного произношения, как в украинских фамилиях типа Кривонюк или Шептун, где местные окончания переосмысливались.

Фамилия фиксируется в основном в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Украины, Беларуси, а также в южных областях России. Сословного барьера у неё не было: прозвище могли дать и крестьянину, и казаку, и мещанину. В XIX веке встречаются записи о Шалюпо среди крестьян Черниговской губернии и мещан Могилёвской. При переезде в центральную Россию фамилия могла русифицироваться до Шалюпов, но в исходном виде сохранилась у многих ветвей рода.

Словообразовательная модель здесь архаична: бессуффиксная фамилия, где прозвище стало родовым именем без добавления патронимического суффикса. Это редкость для восточнославянской ономастики, где большинство фамилий образуется через -ов/-ев или -ин. Шалюпо стоит в одном ряду с такими же «голыми» прозвищами, как Нечай, Гуляй, Держи — они не приросли к окончанию, а остались сами собой.