Фамилия Шамаханов — один из тех случаев, где география подсказывает ответ быстрее, чем морфология. Она явно несёт на себе отпечаток тюркских языков, и её основа — Шамахан — почти наверняка указывает на конкретное место.

Вероятнее всего, прозвище Шамахан дали человеку, который имел отношение к городу Шемаха (ныне в Азербайджане). В средние века Шемаха была крупным торговым и ремесленным центром на Шёлковом пути, столицей государства Ширваншахов. В русских летописях и документах XVI–XVII веков этот город хорошо известен: оттуда везли шёлк, ковры, вина. Выходца из Шемахи на Руси вполне могли прозвать Шамаханом — по тому же принципу, что Казанец, Астраханец или Персиянин. Суффикс -ов в фамилии Шамаханов — стандартный русский патронимический, означающий «сын Шамахана» или «потомок того, кого звали Шамахан».

Есть и вторая, менее вероятная версия: от тюркского личного имени Шамахан, которое могло быть составным. Первая часть «шах» (владыка, царь) встречается во многих восточных именах (Шахбаз, Шахмардан), а «хан» — титул правителя. То есть Шамахан могло означать «царь-хан» или «хан-правитель» — имя-титул, данное ребёнку с пожеланием власти и знатности. Однако в пользу географической версии говорит то, что фамилия Шамаханов встречается не только в Закавказье, но и в Поволжье, на Урале и в Сибири — как раз там, куда переселялись торговцы и служилые люди из южных регионов.

Примечательно, что фамилия не получила широкого распространения среди знати. В дворянских родословных книгах она не фиксируется, что типично для прозвищ, указывающих на место выхода: такие фамилии чаще носили посадские люди, купцы, ямщики или крестьяне, чьи предки когда-то пришли «из Шемахи» и осели на новом месте.