Фамилия Шамгонова — женская форма фамилии Шамгонов. Она почти наверняка образована от прозвища или имени Шамгон, а тот корень ведет в тюркские языки. Разберем, что стоит за этим звучанием.

Основа «шам-» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) может восходить к слову «шам» — свеча, светильник, или к арабскому «шам» (Сирия, Дамаск). Вторая часть — «гон» — скорее всего, усеченный вариант от «гон» или «кан», что в тюркских именах означает «кровь» или «род», но чаще выступает как компонент со значением «подобный», «имеющий качество». Вместе «Шамгон» могло означать «подобный свече», то есть светлый, чистый человек, или же указывать на происхождение из сирийских земель. Впрочем, есть и более прозаичная версия: в некоторых тюркских диалектах «шамгон» — это название растения или травы, и прозвище могли дать знахарю или человеку, связанному со сборами.

Суффикс «-ов» в фамилии Шамгонов (а значит, и Шамгонова) — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Шамгонов, то есть сын Шамгона. Такая модель была особенно распространена в XVI–XVII веках среди служилых людей и крестьян, когда фамилии активно формировались от прозвищ отцов. В отличие от фамилий на «-ин», которые чаще давали от основ на -а/-я, суффикс «-ов» крепился к основам на согласный, как в данном случае.

Географически фамилия Шамгонова встречается преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это типичный ареал для фамилий тюркского происхождения, которые русифицировались через добавление русского суффикса. Предки современных Шамгоновых, скорее всего, были татарами или башкирами, перешедшими в православие или просто получившими фамилию по отцу при переписях. Редкость фамилии говорит о том, что род был не слишком многочисленным, а возможно, исходное прозвище Шамгон не вышло за пределы одной деревни или рода.

В отличие от более частых фамилий вроде Шамсутдинов или Шамгунов, Шамгонова не имеет очевидной религиозной окраски (нет компонента «дин» — вера, или «улла» — Аллах). Это делает версию с прозвищем от растения или бытовой характеристики более правдоподобной, чем гипотеза о сложном арабо-тюркском имени. Написание фамилии устойчивое, без вариантов, что указывает на позднюю фиксацию в документах — скорее всего, в XIX веке, когда переписчики уже не искажали фамилии на слух.