Фамилия Шамгонов — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок. Начнём с главного: её происхождение неочевидно, и здесь возможны две основные версии, причём обе имеют право на жизнь.

Первая и наиболее вероятная версия — тюркская. Основа «шамгон» или «шамгун» восходит к тюркскому слову, которое в разных диалектах могло означать «светлый», «сияющий» или даже «факел». В этом случае Шамгонов — фамилия, образованная от прозвища или личного имени предка. Суффикс «-ов» указывает на русскую модель оформления фамилий, типичную для народов Поволжья, Урала и Сибири, где в XIX–XX веках активно шёл процесс русификации тюркских имён. Такой вариант особенно правдоподобен для татар, башкир, чувашей или казахов.

Вторая версия — топонимическая. В Средней Азии, особенно в Узбекистане и Таджикистане, существует ряд кишлаков и махаллей с названиями вроде Шамгон. В таком случае фамилия могла закрепиться за выходцем из этого места: Шамгонов — «тот, кто из Шамгона». Эта версия слабее, потому что фамилии на «-ов» редко образуются от названий поселений в Средней Азии напрямую, но полностью исключать её нельзя — особенно если учесть, что в советское время многие локальные фамилии оформлялись по русскому образцу.

Словообразовательная модель проста: корень «шамгон» + патронимический суффикс «-ов». Интересно, что фамилия не имеет типично русского суффикса прилагательного — здесь нет «-ск-» или «-ин-», что сразу указывает на её нерусскую основу. Встречается она редко, преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкирии, Оренбургской области, а также среди татарской диаспоры в Москве и Санкт-Петербурге.

О сословной принадлежности носителей фамилии ничего определённого сказать нельзя — в дворянских родословных книгах Шамгоновы не значатся. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, принявшими фамилию при переписях XIX века. В любом случае, фамилия Шамгонов — яркий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на восточную основу, создав редкий и запоминающийся антропоним.