Фамилия Шамогонов — редкая, и её разбор требует внимания к деталям словообразования. На первый взгляд она кажется отчеством на -ов, но в основе лежит необычная форма. Ключевой элемент здесь — суффикс -огон-, который встречается в фамилиях нечасто. Он мог возникнуть из прозвища, образованного от глагола «шамать» (в диалектах — есть, принимать пищу, иногда — жевать). Тогда Шамогон — человек, который много или жадно ест, либо тот, кто работает с едой, например, повар или хлебопёк. Такая модель (основа глагола + суффикс -огон) характерна для прозвищ, описывающих поведение или занятие.

Вторая версия связана с антропонимом Шамогон как производным от имени Шамай, Шамша — сокращённых форм от Шамсутдин или других арабо-тюркских имён с корнем «шам» (солнце, свеча). В этом случае суффикс -огон мог служить для образования личного имени или прозвища, а уже от него возникла фамилия. Однако эта гипотеза менее убедительна, так как для таких имён типичны суффиксы -ов или -ин, а не -огон.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским регионам, где диалектное слово «шамать» хорошо известно, а также к Поволжью, где возможны тюркские влияния. Сословно Шамогоновы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что делает её ценной для генеалогии: каждый носитель почти наверняка связан с небольшим кругом семей из одного уезда.