Фамилия Шамонаев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Шамонаев образована от прозвища Шамонай, которое восходит к глаголу «шамкать» - «говорить нечетко, невнятно». Соответственно, прозвище Шамонай могли дать человеку, который имеет определенные особенности речи, а также того, кто любит шушукаться, шептаться. Глагол «шамкать» имеет и другое значение – «шаркать ногами, ходить вяло, волочить ноги». В таком случае прозвище Шамонай мог получить человек, подволакивающий ноги, или тот, кто носил башмаки без задников. Согласно другой версии, фамилия Шамонаев — это вариант фамилии Шаманаева. В этом случае она образована от прозвища Шаман. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» значение слова «шаман» определяет следующим образом: «ворожбик, кудесник». Слово «шаман» взято из тунгусо-маньчжурских языков, где им обозначался человек, который в состоянии возбуждения мог общаться с духами. О точном месте и времени возникновения фамилии Шамонаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шамонаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.