Фамилия Шамшукова — женская форма фамилии Шамшуков, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. В центре внимания — корень «Шамш-», который ведёт нас в тюркские языки, а точнее — к личному имени Шамша. Это имя, в свою очередь, восходит к арабскому «шамс» — «солнце». Встречаются варианты Шамси, Шамсуддин, и Шамша — одна из народных, сокращённых форм. Так что в основе фамилии лежит не прозвище и не ремесло, а имя, данное при рождении.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединился к основе имени, причём в фамилии Шамшуков заметна характерная черта — переход начального «а» в «у» под влиянием акающих говоров или просторечного произношения (Шамша → Шамшук). То есть исходное имя «Шамша» сначала превратилось в уменьшительную или обиходную форму «Шамшук» (по аналогии с Ваня — Ванюк, Петя — Петюк), а затем уже от неё образовалась фамилия. Таким образом, Шамшуков — буквально «сын Шамшука», то есть потомок человека по имени Шамша.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, где исторически было сильно татаро-монгольское и тюркское влияние. Встречается она и на Урале, и в Сибири — там, куда переселялись крестьяне и служилые люди. Сословно предки Шамшуковых чаще всего были крестьянами или мещанами, но не исключено, что отдельные ветви могли принадлежать к казачеству или духовенству — имя Шамша встречалось и в среде православного населения, принявшего его из тюркской традиции. Никаких документальных упоминаний о дворянском происхождении этой фамилии нет, и в родословных книгах она не значится.

Стоит отметить, что фамилия Шамшукова не однокоренная с «шумом» или «шамшуром» (старинной одеждой), как иногда ошибочно думают. В ономастике известен труд Б. Унбегауна «Русские фамилии», где он разбирает тюркские заимствования, и Шамшуков вписывается в этот ряд. Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие «родственники» — Шамшев, Шамшурин, Шамсутдинов, все они восходят к тому же солнечному корню.