Фамилия Шаникеев — редкий случай, когда её происхождение лежит на стыке тюркских языков и русского суффиксального оформления. В основе лежит личное имя или прозвище Шаникей. Это имя, скорее всего, имеет тюркское происхождение, где корень «шан» (сан) может означать «слава», «почет» или «число», а «кей» — уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для некоторых тюркских языков (например, в казахском или татарском). Таким образом, Шаникей могло быть ласкательной формой имени со значением «славненький» или «маленький почетный». Встречается и версия, что основа восходит к арабскому «шани» — «хулитель», «злословящий», но в сочетании с тюркским суффиксом она менее вероятна и не объясняет конечное «-ей».

Фамилия образована по русской модели: к основе Шаникей добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой согласной). В буквальном смысле Шаникеев — «сын Шаникея». Такое оформление типично для фамилий, которые возникли в среде крещёных тюркских народов (татар, башкир, чувашей) или в смешанных регионах, где русская администрация фиксировала местные имена по своему образцу. Фамилия не аристократическая, а скорее крестьянская или мещанская, и её носители, вероятно, были выходцами из Поволжья, Приуралья или Западной Сибири.

Географически фамилия Шаникеев встречается редко, что указывает на её локальное происхождение. Наибольшая концентрация носителей фиксируется в Оренбургской области и Башкортостане. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не попадается, что говорит о её позднем закреплении — вероятно, в XIX веке, когда многие татары и башкиры получали фамилии по имени отца. Важная деталь: написание через «е» после «к» (а не через «и» — Шаникиев) подтверждает, что в основе была форма Шаникей, а не Шаникий.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шаникеев стоит в одном ряду с Шаниковым (от имени Шаник) и Шаниным (от Шаня). Но суффикс -еев здесь необычен: он встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на имя с конечным «-ей» (как Алексеев, Андреев). В тюркской среде такие фамилии могли возникать спонтанно, без строгой литературной нормы, поэтому возможны варианты произношения с ударением на второй или третий слог.