Фамилия Шапагатова — редкая и, скорее всего, тюркская по происхождению. Её основа восходит к слову «шапагат» (варианты: «шапахат», «шапагат»), которое в башкирском, казахском и татарском языках означает «милость», «благосклонность», «доброта», «пощада». Это имя или прозвище могли дать человеку как пожелание: чтобы он вырос милосердным, снисходительным, или же как характеристику его мягкого, доброго нрава. В исламской традиции это слово также связано с понятием заступничества, поэтому имя Шапагат могло нести и религиозный оттенок.

Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ов, адаптированного к тюркскому корню. Женская форма Шапагатова указывает на то, что мужская версия — Шапагатов. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде татар, башкир, казахов, которые входили в состав Российской империи и чьи имена фиксировались в документах на русском языке.

Географически фамилия Шапагатова встречается преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и в западных районах Казахстана. Это регионы, где исторически были сильны башкирские и казахские родовые общины. Носители фамилии могли быть выходцами из духовного сословия (муллы, учителя при мечетях), так как имя Шапагат нередко давали именно в религиозных семьях, или же из числа зажиточных крестьян-скотоводов, уважаемых за справедливость.

Встречаются редкие варианты написания — Шапахова, Шапагатова. Путаница могла возникнуть из-за диалектного произношения: в некоторых говорах звук «г» смягчается или заменяется на «х». При этом корень «шапа» (от арабского «шафака» — сострадание) остаётся неизменным.

Точных сведений о древности фамилии нет, но можно предположить, что она оформилась не ранее XVIII века, когда у тюркских народов начали массово закрепляться фамилии по отцу. До этого люди обходились личным именем и именем отца (Шапагат улы — сын Шапагата).