Фамилия Шапагатян — редкий пример армянской фамилии, корни которой уходят не в профессиональное прозвище или имя, а в географическое название. Она образована с помощью типичного армянского патронимического суффикса -ян (вариант -янц), означающего «принадлежащий к роду» или «потомок». Основа здесь — «Шапагат» (или «Шапага»), и именно в ней скрыта главная загадка.

Слово «шапагат» в армянском языке не имеет прямого бытового значения, которое можно было бы перевести как ремесло или качество человека. Скорее всего, это топоним — название населённого пункта, местности или даже реки. В исторической Армении и Закавказье существовали села с похожими названиями (например, Шапагат в области Васпуракан), а также встречались микротопонимы, связанные с природными объектами. Таким образом, первый носитель фамилии Шапагатян, вероятно, происходил из места, которое называлось Шапагат — его потомки стали «шапагатянами», то есть выходцами оттуда.

Модель образования фамилии от названия села или города — одна из самых распространённых в армянской ономастике наряду с фамилиями от личных имён (например, Петросян — от Петрос). Если бы основа была прозвищем, мы бы ожидали более прозрачной семантики: скажем, «шапага» могло бы означать «быстрый» или «ловкий» в диалектах, но подтверждений этому нет. Поэтому версия с географическим корнем выглядит правдоподобнее.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто фиксируют профессию или отчество, армянские фамилии на -ян редко несут информацию о роде занятий предка. Шапагатян — не исключение: по фамилии нельзя сказать, был ли предок ремесленником, крестьянином или священником. Можно лишь предположить, что его род происходил из определённой области, возможно, из исторической Западной Армении (территория современной восточной Турции), где топонимы с корнем «шап-» встречаются чаще.

Фамилия остаётся редкой и за пределами Армении встречается в основном в среде армянской диаспоры. Из-за отсутствия массовых записей в дореволюционных метрических книгах (большинство армянских фамилий систематизировали позже) точную географию бытования Шапагатян установить сложно. Но само её звучание — с характерным для восточноармянского произношения ударением на последний слог — указывает на классическую модель, не затронутую тюркскими или русскими влияниями.