Фамилия Шапляков образована от прозвища Шапляк. В русских говорах так называли человека, который носил шапку особого фасона, либо мастера по изготовлению шапок. Слово «шапляк» — производное от «шапля», что в ряде диалектов означало то же, что и «шапка», но с уменьшительно-пренебрежительным оттенком. В отличие от стандартной фамилии Шапкин (от «шапка»), форма Шапляков встречается реже и указывает на более узкое, диалектное происхождение.

Суффикс -як в основе прозвища характерен для северных и северо-восточных говоров (ср. земляк, рыжак, пермяк). Он придавал слову оттенок принадлежности к чему-то или характерного признака. Таким образом, Шапляк — это либо «человек в шапке», либо «шапочник», либо житель местности, где такое слово было в ходу. Фамилия закрепилась по патронимической модели: сын, внук или потомок Шапляка стал Шапляковым.

Географически фамилия тяготеет к северу европейской части России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Шапляк в Вологодском и Архангельском уездах. В этих краях слово «шапля» фиксируется в значении «шапка, колпак», а «шапляк» — как прозвище ремесленника. Позднее фамилия распространилась на Урал и в Сибирь вместе с переселенцами.

Словообразовательная модель на -ов типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный. Если бы основа оканчивалась на -а (Шапля), фамилия звучала бы как Шаплин. Выбор суффикса -ов вместо -ин подтверждает, что исходное прозвище было Шапляк, а не Шапля.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах встречается Шапляков и Шапляковъ. Двойное «п» в корне — следствие этимологии (корень «шап-» + суффикс «-ляк»), поэтому написание через одно «п» ошибочно. Родственные фамилии — Шапкин, Шапочников, Шаповалов — имеют ту же профессиональную или прозвищную основу, но образованы от разных диалектных форм.