Фамилия Шипляков образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шипляк — предок, Шипляков — его потомок. Модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ов составляют большинство.

Основа «Шипляк» неоднозначна, и здесь есть две равноправные версии. Первая: прозвище связано с шипом — колючкой, острым предметом. В говорах «шипляк» могли назвать человека колкого, язвительного, с острым языком, либо того, кто занимался изготовлением шипов (например, в тележном или сапожном деле). Вторая версия выводит прозвище из диалектного слова «шиплявый» — то есть сутулый, сгорбленный, с выступающими лопатками. В некоторых областях «шипляком» называли худого, щуплого человека. Оба значения вполне реальны для прозвищного происхождения.

Менее вероятна, но не исключена связь с названием птицы — шипляк могло быть вариантом слова «шипун» (лебедь). Однако в русских говорах такое употребление не зафиксировано широко, поэтому эту гипотезу стоит отнести к разряду догадок.

С географической точки зрения фамилия Шипляков встречается в нескольких областях России, но заметно чаще — в Поволжье и на Урале. По данным переписей и метрических книг, носители фамилии фиксировались в Вятской, Пермской и Симбирской губерниях. Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде государственных крестьян или мастеровых людей, а не в дворянской среде. В XIX веке Шипляковы не были представлены в родословных книгах, что подтверждает их непривилегированное происхождение.

Однокоренные фамилии — Шипляев, Шипляков, Шипулин — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Шипляков стоит в одном ряду с ними как вариант, получивший самое широкое распространение.