Фамилия Шапотинников — редкий случай, когда суффиксальная цепочка длиннее, чем у большинства «профессиональных» фамилий. Если бы предка звали просто Шапотинник, фамилия звучала бы как Шапотинников — с одним суффиксом -ов. Но здесь их два: -ник и -ов, что указывает на прозвище, образованное не напрямую от ремесла, а от названия человека по этому ремеслу.

В основе лежит слово «шапотинник». В русских говорах так могли называть мастера, который шил шапки, то есть шапочника. Но есть нюанс: «шапотинник» — не самая распространённая форма. Чаще говорили «шапочник» или «шаповал» (последний — тот, кто валял шапки из шерсти). Форма на -тинник встречается реже и может быть диалектной, возможно, из южнорусских или западных областей, где аканье и иканье меняли звучание: «шапотúнник» от «шапотá» (шапка).

Второй вариант, который стоит рассмотреть, — связь с глаголом «шапотать» (шептать, шушукаться) или существительным «шапот» (шёпот, сплетня). В этом случае Шапотинников — потомок человека, получившего прозвище Шапотинник за привычку шептаться или распускать слухи. Такое объяснение менее очевидно, но ономастика знает фамилии от прозвищ по поведению (Болтунов, Шептунов), и исключать его нельзя. Однако ремесленная версия надёжнее: модель «название профессии + -ник» (сапожник → Сапожников, бондарь → Бондарников) типологически устойчива.

Фамилия фиксируется в документах с XIX века, но не массово. В переписях и метрических книгах она встречается в Центральной России и Поволжье, где было развито шапочное ремесло. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель -ников/-нинов отмечена как продуктивная для названий лиц по занятию, но Шапотинников в него не вошёл — скорее всего, из-за редкости.

Итак: скорее всего, Шапотинников — потомок шапотинника, то есть шапочного мастера. Второй, менее вероятный вариант — прозвище за манеру шептаться. Спор решается просто: если бы основой была «шапот» (шёпот), фамилия чаще писалась бы через «о» без «и» — Шапотников, но форма Шапотинников с гласной «и» указывает на исходное «шапотинник», что сближает её с ремесленными названиями.