Фамилия Шапрунова образована от мужского прозвища Шапрун. Это одна из тех фамилий, чья основа не сразу поддаётся расшифровке: в ней нет прямого указания на профессию, внешность или имя предка. Корень здесь затемнён, и этимологам приходится строить предположения, отталкиваясь от звучания и диалектных слов.

Наиболее вероятная версия связывает прозвище Шапрун с глаголом «шапать» — в южнорусских и украинских говорах так говорили о том, кто шлёпает, чавкает или неуклюже ходит по грязи. Суффикс -ун- характерен для прозвищ, данных за манеру поведения или привычку: хвастун, ворчун, молчун. Шапрун — это человек, который «шапает», то есть ходит неаккуратно, тяжело. Со временем прозвище могло закрепиться за родом, а фамилия на -ов/-а стала стандартной формой, отвечающей на вопрос «чей?»: сын Шапруна.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «шапрун» в значении «охотник до шапок», то есть человек, который любит носить или собирать шапки. Однако эта гипотеза слабее, так как не имеет широкой лексической поддержки в говорах. Основной корень всё же лежит в области звукоподражания или описания походки.

Фамилия Шапрунова — редкая, её географическое распространение сосредоточено в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Белгородской областях. Это указывает на то, что прозвище возникло именно в зоне южнорусских говоров, где глагол «шапать» был в ходу. Суффикс -ун в фамильном прозвище — не самый частый, что делает фамилию заметной на фоне более типичных Шапкиных или Шаповаловых. Носительница этой фамилии может с уверенностью считать, что её предок получил прозвище за характерную, запоминающуюся походку или манеру поведения, а не за ремесло или имя.