Фамилия Шарапутдинов — редкий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на арабское имя, причём не самое распространённое. В основе лежит мужское имя Шарапутдин — вариант арабского Шарафуддин (شرف الدين), что переводится как «благородство веры» или «честь религии». Первая часть — «шараф» (честь, достоинство), вторая — «дин» (вера, религия). В тюркских языках, через которые имя попало в Россию, «шараф» часто переходило в «шарап» — отсюда и форма Шарапутдин.

Суффикс «-ов» указывает на типично русский способ образования фамилий от отчества: Шарапутдинов буквально означает «сын Шарапутдина». Фамилия закрепилась в среде, где было принято давать детям арабские имена с религиозным значением, — прежде всего у татар, башкир, а также у народов Дагестана (кумыков, лезгин, даргинцев). Встречается и у чеченцев, но реже. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и северокавказским республикам, хотя отдельные носители живут по всей России.

Интересная деталь: ударение в фамилии почти всегда падает на последний слог — Шарапутдино́в, что характерно для русских фамилий на «-ов», образованных от длинных восточных имён. В самой исходной форме Шарапутдин ударение обычно на последнем слоге, так что перенос при добавлении суффикса не происходит.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться по-разному: Шарапутдинов, Шарафутдинов, иногда с «ф» вместо «п» — Шарафутдинов. Это не ошибка, а отражение двух произносительных традиций: арабское «ф» в тюркских языках часто переходило в «п», но грамотные муллы могли настаивать на «ф» как на более «книжном» варианте. Поэтому Шарафутдинов и Шарапутдинов — это, по сути, одна и та же фамилия, разошедшаяся в написании.

Никакого отношения к «шарапу» (жаргонному названию алкоголя) фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение, которое не должно вводить в заблуждение. Смысл имени исключительно религиозный и почётный.