Фамилия Шарапутина — женская форма, мужская — Шарапутин. В основе, скорее всего, лежит прозвище Шарапут, которое на русском Севере и в Сибири имело вполне конкретное значение. В архангельских и вологодских говорах «шарапут» — это бойкий, расторопный, но при этом несерьёзный человек, вертопрах. Слово составное: первая часть «шара-» родственна глаголу «шарашить» (суетиться, делать кое-как) или «шарахаться», а «-пут» — тот же корень, что в «путный», «путать». Получается «суетливый путник» или «тот, кто мечется».

Менее вероятно, но возможно, что Шарапут — это искажённое тюркское имя Шарафутдин (от арабского «шараф» — честь, и «дин» — вера). В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается у татар и башкир. Однако на русской почве такое имя быстро переосмыслили бы по созвучию с «шаромыгой» или «шаропутным» человеком, так что два варианта могли слиться.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шарапутин — сын или потомок Шарапута. Фамилия редкая, географически привязана к Вятке, Пермскому краю и некоторым районам Сибири, куда переселялись крестьяне. Сословно — почти наверняка крестьянская среда, где прозвища давали метко и без обиняков.