Фамилия Шаритон — один из тех случаев, где славянское ухо слышит что-то знакомое, а на деле корень может оказаться неожиданным. Первое, что приходит в голову: связь с прилагательным «шарый» (серый) или глаголом «шарить». Но в основе фамилии, скорее всего, лежит не русское, а греческое имя Харитон (от charis — «милость», «благодать»). В народном произношении начальное «Х» могло замениться на «Ш»: так Харитон превращался в Шаритона. Подобный переход — не редкость для южнорусских и украинских говоров, где «х» смягчали или заменяли шипящими.

Фамилия образована по простой модели: к полной форме имени добавили нулевой суффикс, то есть прозвище или неофициальное имя Шаритон закрепилось за человеком, а затем перешло к его потомкам без дополнительных окончаний вроде -ов или -ин. Это характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии на согласный (Шаритон, Коваль, Гончар) встречаются чаще, чем в великорусской. В России такую фамилию могли «обрусить», добавив суффикс: Шаритонов — гораздо более распространённый вариант.

Географически фамилия Шаритон тяготеет к западу: её носители чаще встречаются на Украине, в Белоруссии и в южных областях России (Курская, Белгородская, Воронежская). Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании. Предок, носивший имя Шаритон, мог быть крестьянином или казаком — фамилия не указывает на сословную принадлежность, так как образована от личного имени, а не от прозвища по роду занятий.

Интересно, что в некоторых говорах слово «шаритон» могло закрепиться как прозвище — например, для человека с серыми глазами или одеждой (от «шарый»). Но это вторичная версия: маловероятно, что от нарицательного прилагательного образовали бы фамилию без суффикса, а имя Харитон даёт более прямое и лингвистически оправданное объяснение.