Фамилия Шархунова — женская форма фамилии Шархунов. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу Шархун. В русских говорах слово «шархун» или «шаркун» означало человека, который издаёт шаркающие, шуршащие звуки, например, при ходьбе. Так могли прозвать медлительного, неловкого или, наоборот, суетливого человека, чьи движения сопровождались характерным шумом. В некоторых диалектах «шаркун» — это ещё и болтун, пустомеля, тот, кто «шаркает» языком без дела.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «шарх» — «восток» или «восход». В таком случае Шархуновым могли называть выходца с восточных земель или человека, получившего прозвище по месту жительства. Однако для русской фамильной модели это редкое заимствование, и первая версия — от звукоподражательного прозвища — выглядит убедительнее, особенно учитывая, что фамилия встречается в центральных и северных регионах России, где диалектное слово «шархун» было хорошо известно.

Суффикс -ов образует типичную русскую фамилию, указывающую на принадлежность: «чей?» — Шархунов, то есть сын или потомок Шархуна. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища, данные по поведению или внешним признакам, в XVII–XIX веках часто становились основой для фамилий в непривилегированных сословиях.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие аналоги — Шаркунов, Шаршавин (от «шаршавый» — шершавый, грубый). Все они построены по одной модели: корень, передающий звук или тактильное ощущение, плюс фамильный суффикс. Шархунова — редкая фамилия, не входящая в списки ста наиболее распространённых, что только повышает вероятность её прямого прозвищного происхождения, а не от крестильного имени.