Фамилия Шархун — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть застывшее прозвище в именительном падеже. Такая модель чаще встречается на Украине, в Беларуси и на юге России, где фамилии вроде Шархун, Голуб или Сокол нередко оставались без дополнительного суффикса, указывающего на принадлежность роду.

Основа фамилии — глагол «шархать» или «шархнуть». В русских говорах это слово имело несколько значений: стучать, греметь, бить с размаху, а также двигаться с шумом, неловко задевая предметы. В некоторых диалектах «шархун» — это человек, который ходит вразвалку, шаркает ногами, производит много шума. Таким образом, прозвище могло закрепиться за неуклюжим, неспокойным или, наоборот, громогласным человеком. Вполне вероятно, что предок носителя фамилии был мастеровым — кузнецом или бондарем, чья работа сопровождалась шумом и стуком.

Встречается и другая, более узкая версия: в псковских и тверских говорах «шархун» — это вид чертополоха или репейника, цепляющегося за одежду. Прозвище могли дать человеку неопрятному, неряшливому, за которым всё тянется и цепляется. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно если учесть, что прозвища от названий растений давали по внешнему сходству или по поведению.

Фамилия Шархун почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал — северо-западные регионы (Псковская, Новгородская области) и частично Беларусь. Встречается она и у поляков, но в форме Szarchun, что подтверждает её западнославянскую или балто-славянскую привязку. В старых писцовых книгах XV–XVII веков такая фамилия не зафиксирована, что говорит о её более позднем закреплении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда фамилии стали массово присваиваться крестьянам и мещанам.

Интересно, что фамилия Шархун не имеет отношения к тюркским языкам, хотя по звучанию напоминает многие восточные прозвища. Это чисто славянское образование, искать в нём монгольские или татарские корни было бы ошибкой.