Фамилия Шахун, вероятно, ведет свое начало от древнего тюркского мужского имени Шахун. Это имя носил один из представителей знаменитого татарского рода ханских кровей Ассанчуковичей (XVI век). Само имя Шахун, возможно, происходит от тюркского слова szahun – «сокол». В древности у тюрков была распространена традиция называть сыновей в честь хищных птиц. По другой версии, имя Шахун может быть родственно турецкому слову sahane, что значит «великолепный».