Фамилия Шахунский — редкий пример, где географическое название почти наверняка перевесило личное прозвище. Основа здесь — топоним Шахунья, город и железнодорожный узел на севере Нижегородской области. Слово «Шахунья» финно-угорского происхождения, предположительно от марийского «шакше» — «сорока» или «шокше» — «жаркий, знойный». То есть изначально это могло быть прозвищем реки или урочища, а затем и поселения.

Модель образования типична для фамилий, указывающих на территориальную принадлежность: суффикс -ский в XIX — начале XX века активно присоединяли к названиям мест, откуда человек был родом или где владел землёй. Шахунский — значит «выходец из Шахуньи» или «помещик, чьё имение стоит на Шахунье». Церковно-приходские школы и перепись населения фиксировали такие фамилии за крестьянами и мещанами, переселившимися в города, реже — за духовенством, получившим фамилию по названию прихода.

Есть и более прозаичная версия: от прозвища Шахун, которое могло возникнуть от диалектного глагола «шахать» — шататься, бродить без дела, или от тюркского «шах» — царь, владыка. Но в таком случае мы бы ждали фамилию Шахунов, а не Шахунский. Суффикс -ский твёрдо привязывает фамилию к географическому объекту, а не к личному имени.

Фамилия крайне редкая: за пределами Нижегородской области и соседних регионов (Кировская область, Марий Эл) почти не встречается. Это дополнительный аргумент в пользу того, что перед нами именно топонимическая фамилия, а не случайное созвучие. Носители Шахунских — потомки людей, чья жизнь была связана с железной дорогой и лесным краем вокруг станции Шахунья.