Фамилия Шаршенакунова — редкий пример тюркской модели, где основой послужило арабское имя, а финальный суффикс — русский, женский. Мужской вариант — Шаршенакунов. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ов (в женской форме -ова) указывает на патронимическое происхождение, то есть «чей?» — потомок Шаршенакуна. А вот само прозвище или имя Шаршенакун — составное.

Первая часть, «Шаршен», восходит к арабскому «шаршар» или «шаршан», что в тюркском произношении часто означало «искра», «блеск», а иногда — «шум», «суета». Вторая часть, «акун», — это тюркская огласовка арабского слова «акун» (быть, существовать) или же вариант имени Акун, которое в некоторых тюркских языках давали ребёнку как оберег от сглаза, со значением «пусть будет (жив, здоров)». Таким образом, Шаршенакун могло значить «сияющий» или «живой, как искра» — прозвище для энергичного, заметного человека.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где тюркские языки смешались с арабской лексикой: это юг Кыргызстана, Узбекистан, а также татарская и башкирская среда. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков такая фамилия не встречается — это, скорее всего, поздний вариант, зафиксированный в советских паспортизациях 1930-х годов, когда кочевым и полукочевым народам массово присваивали русские фамильные суффиксы.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Шаршенов, Шаршеналиев, Акунов. Во всех случаях основа «шарш» повторяется, но вторая часть меняется — на «али» (от арабского «высокий») или на «акун». Шаршенакунова стоит особняком: двойная основа здесь не случайна — это могло быть личное имя, данное при рождении, а не прозвище, и уже от него пошла фамилия.

Сословной принадлежности предков по фамилии не определить — она не указывает ни на дворянство, ни на крестьянство. Скорее всего, носители — выходцы из среды ремесленников или мелких торговцев, где ценилась живость характера. В современных базах данных фамилия встречается единично, в основном у жителей Чуйской и Джалал-Абадской областей Кыргызстана.