Фамилия Шаршкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с ремеслом или внешностью, а с диалектным глаголом. В северных и сибирских говорах «шаршить» означало «шуршать, шелестеть, производить шорох», а также «говорить невнятно, бормотать» или «делать что-то небрежно, наспех». Человек, получивший прозвище Шаршка, мог быть либо неразборчивым в речи, либо суетливым и непоседливым — тем, от кого постоянно идёт шум и возня.

Модель образования проста: к основе Шарш- добавился суффикс -к- (указание на лицо по действию или качеству), а затем патронимический суффикс -ин, типичный для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». То есть Шаршкин — буквально «сын Шаршки». Такая модель широко распространена в центральной и северной России, но сама основа Шарш- встречается редко, что делает фамилию локальной и нечастотной. Встречаются и однокоренные варианты — Шаршов, Шаршавин, но Шаршкин стоит особняком из-за суффикса -к-, который обычно придаёт прозвищу оттенок уменьшительности или пренебрежения.

Версия об иностранном происхождении (например, от тюркского корня) маловероятна: звукосочетание «шарш» нехарактерно для тюркских заимствований в русских фамилиях, где чаще встречаются «шар» или «шарк». Не подтверждается и связь с географическими названиями — ни одного крупного топонима Шаршка или Шаршкино не зафиксировано. Таким образом, самая надёжная гипотеза — прозвище из живого диалекта.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, крестьянская или мещанская: в XIX веке Шаршкины фиксируются в основном в Вятской и Пермской губерниях, а также в Сибири. Фамилия не была дворянской и не попала в родословные книги, что косвенно подтверждает её простонародное происхождение. Сегодня Шаршкины встречаются рассеянно по всей России, но наибольшая концентрация сохраняется в Кировской области и Пермском крае — там, где глагол «шаршить» ещё помнят старожилы.