Шатагин — фамилия, в которой слышен отголосок прозвища, а не имени. Её основа — «шатаг-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «шатагин», то есть сын или потомок Шатаги. В русских фамилиях суффикс «-ин» обычно присоединялся к основам на -а, -я, и здесь он работает именно так.

Само слово «шатага» — это не каноническое имя, а скорее прозвище. В говорах «шататься» означало бродить без дела, слоняться, быть непоседой. «Шатага» — человек, который постоянно в движении, не сидит на месте, возможно, бродяга или просто беспокойный, суетливый человек. В. И. Даль фиксирует глагол «шатать» в значении качать, колебать, а «шатун» — бродяга, шатущий человек. Прозвище Шатага могли дать непоседливому ребёнку или взрослому, который не держался одного дела.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «шат» (куст, заросли) или «шатер», но это уже натяжка, так как суффикс «-аг-» в «шатага» типичен именно для прозвищ от глаголов (ср. «бродяга», «гуляка»). Ономастический словарь Б. Унбегауна не упоминает фамилию Шатагин, но модель образования — стандартная для русских фамилий от прозвищ на -а.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской, Костромской областях — там, где сохранились архаичные говоры и прозвищные формы. В этих краях «шатага» могло быть не обидным, а бытовым прозвищем, которое закрепилось за родом.

Сословной привязки нет: Шатагины могли быть и крестьянами, и мещанами. Фамилия не боярская, не княжеская — она из народной толщи, из тех, что образованы от живого слова, а не от имени святого. Единственная деталь, которая выделяет её среди десятков похожих: в ней нет суффикса «-ов-», хотя основа заканчивается на твёрдый согласный (г). Это редкий случай, когда прозвище на -а перешло в фамилию через «-ин», а не через «-ов», что подтверждает её диалектное, а не книжное происхождение.