Фамилия Шайбалова — женская форма фамилии Шайбалов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Основа «шайбал» не встречается в современных русских словарях, но хорошо объясняется через тюркские языки. Скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Шайбала, где «шай» — восходящий к персидскому «шах» (господин, царь), а «бала» (тюрк. — дитя, ребенок, мальчик). Таким образом, Шайбала могло означать «царское дитя» или «господский отпрыск» — так в татаро-монгольской среде могли называть знатного юношу или, иронично, избалованного барчука.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов (в женском роде -а) присоединился к основе Шайбал. Фамилия фиксируется преимущественно в регионах с историческим соседством русских и тюркских народов — в Поволжье, на Урале и в Сибири. Встречаются варианты написания: Шайбалов, Шайбалова, реже Шайбалев (с переходом о → е под ударением). Анализ по словарю Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии на -ов от тюркских прозвищ — массовое явление в русском ономастиконе XVI–XVII веков, когда боярские дети и служилые люди получали земли и фамилии по прозвищам.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «шайбалом» называли неловкого, неуклюжего человека (от глагола «шайбать» — шататься, болтаться). Но эта гипотеза менее убедительна, так как слово не зафиксировано в диалектных словарях как распространённое прозвище. Скорее всего, предок носительницы фамилии был не крестьянином, а человеком, получившим прозвище при переписи или при зачислении в казачье сословие — в документах XVII века Шайбаловы встречаются среди служилых татар и казаков на южных рубежах России.