Фамилия Шайбаков образована от диалектного варианта мужского тюркского имени Шайбек – Шайбак. Имя Шайбек, как и многие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к имени Шахи, которое в переводе с персидского означает «относящийся к шаху, подобный шаху», «самый лучший, самый главный, великий». Таким образом, потомок человека, которого звали Шайбак, со временем получил фамилию Шайбаков.