Фамилия Шайфудинов — редкий пример русской фамилии, образованной от мусульманского имени. Её основа восходит к арабскому имени Шайхутдин (или Шайфутдин), которое переводится как «старец (шейх) веры» или «предводитель религии». Суффикс «-ов» — типичный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Шайфудина». Фамилия закрепилась в среде татар, башкир и других тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья, которые после принятия ислама часто использовали арабские имена, а затем, войдя в состав Российской империи, получали фамилии по русской модели.

Обратим внимание на необычное написание: в оригинальном имени Шайхутдин звук «х» мог редуцироваться или переходить в «ф» в разговорной речи, что и дало вариант Шайфуддин. В русской записи двойное «д» упростилось до одного, а конечное «-ов» добавилось в официальных документах — при переписях или рекрутских наборах XIX века. Таким образом, фамилия фиксирует не только вероисповедание предка, но и особенности местного произношения.

По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были государственными крестьянами или тептярами (сословие в Башкирии, платившее подати, но не несшее воинской повинности). Встречается фамилия и среди служилых татар, но в целом она остаётся локальной: основная масса Шайфудиновых сосредоточена в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это рядовая, но характерная для региона фамилия, в которой исламский корень сплавился с русской грамматикой.