Фамилия Шайфутдинов — классический пример того, как русский суффикс прирастает к мусульманскому имени, создавая фамилию, привычную для слуха в Поволжье и на Урале. В основе лежит арабское составное имя Шайфутдин (в более точной передаче — Шайф ад-Дин), которое переводится как «меч веры» или «меч религии». Первая часть «шайф» (меч) и вторая «ад-дин» (вера, религия) — распространённая модель в исламской ономастике, сродни имени Сейфутдин.

Суффикс «-ов» превращает татарское или башкирское имя в фамилию по русской модели. Это указывает на то, что предки носителя фамилии жили на территории, где после присоединения Казанского и Астраханского ханств местное население массово получало фамилии по отцу. В отличие от чисто русских фамилий, где «-ов» часто означает «чей сын», здесь он просто оформляет имя предка по отцовской линии. Встречается и вариант Шайфутдинов, и более редкий Шайфутдинов (с ударением на «и»), но оба восходят к одному корню.

Географически фамилия плотнее всего сидит в Татарстане и Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах традиционного проживания татар и башкир. Это не дворянская фамилия и не фамилия духовенства (хотя имя и означает «меч веры»): её носили крестьяне, ремесленники, торговцы, которые закрепили её в документах после ревизий XVIII–XIX веков. Интересно, что в метрических книгах мечетей можно встретить запись «Шайфутдин сын такой-то», что прямо указывает на процесс становления фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями, вроде Сайфутдинов или Шайхутдинов, показывает разницу в первой части имени. Если «шайх» означает старейшину или шейха, то «шайф» — именно меч, оружие. В русском языке звук «ф» в середине слова для исконной лексики нехарактерен, поэтому фамилия сразу выдает тюркское происхождение с арабским заимствованием. Споров о корне здесь нет: этимология прозрачна, и альтернативных версий (например, от русского прозвища) не существует.