Фамилия Шафутдинова — женская форма фамилии Шафутдинов. Её основа — мусульманское личное имя Шафутдин, которое состоит из двух арабских корней: «шафу» (исцеление, выздоровление) и «дин» (вера, религия). В буквальном переводе имя Шафутдин означает «исцеление веры» или «целитель религии». Это теофорное имя, то есть прямо указывающее на религиозный смысл: ребёнка так называли в надежде, что он станет опорой и «лекарем» для ислама.

Модель образования фамилии — типичная для тюркских и кавказских народов, исповедующих ислам: к личному имени прибавляется русский патронимический суффикс -ов, который в русской традиции адаптировал инородные фамилии в конце XIX — начале XX века. Фамилия Шафутдинов (и Шафутдинова) закрепилась в основном у татар, башкир и представителей народов Дагестана. В отличие от русских крестьянских фамилий, где -ов указывал на отчество, здесь он просто русифицировал арабское имя, не меняя его смысла.

Географически фамилия распространена в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкортостане) и на Северном Кавказе. У татар и башкир имя Шафутдин встречается реже, чем, скажем, Габдулла или Миннебай, но фамилия Шафутдинов не редка — она входит в число устойчивых татарских фамилий, образованных от имён с корнем «дин». В Дагестане, особенно у кумыков и аварцев, фамилия может писаться через «а» (Шафутдинов) или с удвоением «т», что связано с местными диалектными особенностями произношения.

Спорных версий происхождения у фамилии почти нет. Основной корень — имя — прозрачен, а суффикс стандартен. Единственная тонкость: иногда фамилию путают с Шафигуллиновой или Шафиковым, но это разные основы (Шафигулла — «милость Аллаха», Шафик — «сострадательный»). Шафутдинова же имеет чёткую привязку к понятию врачевания и веры, что выделяет её среди однокоренных фамилий на «дин».

В дореволюционной России носители этой фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, но в среде татарского купечества и духовенства имя Шафутдин тоже встречалось (например, среди мулл). Сословной исключительности фамилия не имела — она бытовала в разных слоях, объединённых религиозной традицией.