Фамилия Шайхатдинов образована от мусульманского мужского имени Шайхатдин, которое состоит из двух компонентов: «шайх» - «старец, духовный глава» и «ад-дин» - «истинно верующий». Подобная фамилия, по данным различных источников, была распространена в Узбекистане. Скорее всего, она принадлежала отпрыску известной династии служителей культа и религиозных деятелей.