Фамилия Шайхатденов — тюрко-арабская по происхождению, и её разумнее всего разбирать с конца, с форманта. Суффикс -ов — классический русский патронимический показатель, который в Поволжье и Приуралье «пришивали» к мусульманским именам при переходе на фамилии. То есть перед нами не исконно русская фамилия, а обрусевшая форма: предка звали Шайхатден, а его потомки стали Шайхатденовыми.

Основа имени — составная, из двух арабских корней: «шайх» (старец, предводитель, уважаемый человек) и «ад-дин» (религия, вера). Вместе «Шайх ад-Дин» означает «старец веры» или «предводитель религии». В мусульманском мире это традиционное теофорное имя — давали в честь почитаемого религиозного авторитета, чтобы ребёнок рос под его покровительством. В русской транскрипции арабский артикль аль- превратился в ат- или ад-, а конечный мягкий знак в русском языке не пишется — отсюда форма Шайхатден.

Вероятнее всего, носители фамилии — татары или башкиры. У этих народов фамилии на -ов стали массово закрепляться после ревизий XVIII–XIX веков. До этого человека могли записать просто по имени и отцу: Шайхатденов сын. Если бы предок жил в среде, где фамилии не русифицировали, мы бы увидели вариант Шайхатдинов — с более точной передачей огласовки. Но форма Шайхатденов указывает на региональный говор или на то, что имя записывал русский писарь на слух, стянув гласный.

Редкость фамилии в том, что она сохранила не самый частый вариант произношения. Обычно такие имена дают фамилии Шайхутдинов, Шайхиев — с суффиксом -ов. Здесь же мы видим «Шайхатденов», что выдаёт либо локальную диалектную особенность (выпадение гласной в середине), либо более старую запись, когда имя ещё не устоялось в русских документах. Встречается фамилия в основном в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры в соседних областях. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами, незнатного происхождения: знатные мурзы и князья чаще носили фамилии без русского суффикса или на -ин от тюркских основ.