Фамилия Шайхидинова образована от мужского имени Шайхидин, которое восходит к арабской составной основе. Первая часть — «шайх» (старец, почтенный человек, духовный наставник, глава общины). Вторая — «дин» (вера, религия). В сумме имя означает «старец веры» или «наставник в делах веры». Это типичное для мусульманских народов теофорное имя, подчёркивающее религиозный авторитет или благочестие.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели с суффиксом -ов, адаптированным к основе на -ин: Шайхидин → Шайхидинов → Шайхидинова. Женская форма указывает, что носительница — дочь или жена человека по фамилии Шайхидинов. В русской традиции фамилии на -ов/-ев и -ин закрепились в XVI–XVII веках, но у тюркских и кавказских народов переход личных имён в фамилии происходил позже, в XVIII–XIX веках, при активном взаимодействии с русской административной системой.

Географически фамилия Шайхидинова чаще всего встречается среди татар, башкир, а также народов Северного Кавказа, где распространены имена с корнем «шайх». В дореволюционной России носители такой фамилии принадлежали в основном к духовному сословию или к крестьянству, но точное сословное распределение установить сложно из-за малочисленности записей.

С точки зрения ономастики, фамилия примечательна тем, что сохранила архаичную форму имени без редукции гласных: в разговорной речи «Шайхидин» могло звучать как «Шайхетдин» или «Шайхутдин», но письменная фиксация удержала первоначальный вариант с «и». Это указывает на относительно позднюю и документально строгую запись фамилии, возможно, при переписях XIX века.

Среди однокоренных фамилий — Шайхиев, Шайхутдинов, Шайхитдинов. Шайхидинова стоит особняком: она менее частотна, чем Шайхутдинов, но более прозрачна по составу, так как вторая часть имени не подверглась стяжению.