Фамилия Шайхимов образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ов, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Основа здесь — Шайхим, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шайхимов, то есть сын или потомок человека по имени Шайхим. Эта модель типична для фамилий, возникших из отчеств, и в данном случае указывает на то, что предок носителя фамилии носил личное или прозвищное имя Шайхим.

Имя Шайхим — это сложное слово, состоящее из двух тюркских корней. Первая часть, «шайх» (или «шейх»), восходит к арабскому слову, означающему «старец», «старейшина», «глава рода», а в религиозном контексте — «наставник», «учитель». Вторая часть, «хим», скорее всего, является вариантом тюркского слова «ким» — «кто». Таким образом, имя Шайхим можно понимать как «кто шейх?» или «подобный шейху». Это не имя в привычном для нас христианском святцевом смысле, а скорее прозвище или мирское имя, подчёркивающее уважение, мудрость или религиозный авторитет человека.

Поскольку фамилия имеет тюркские корни и мусульманский культурный подтекст, она наиболее характерна для народов Поволжья, Урала и Приуралья — татар, башкир, а также для некоторых групп казахов и народов Кавказа. Предки носителей фамилии Шайхимов, вероятно, были связаны с исламской традицией: могли быть муллами, учителями в медресе, либо просто уважаемыми старейшинами в своей общине. Сама фамилия фиксируется в документах XIX — начала XX века, когда у тюркских народов массово закреплялись фамилии по отчеству, но её основа могла быть значительно старше.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия Шайхимов нередко встречается в написании с буквой «е» — Шейхимов. Оба варианта восходят к одному корню, разница лишь в том, как передавался звук «эй» в тюркском слове через русскую графику. Вариант через «а» (Шайхимов) более характерен для татарской и башкирской традиции, где звук «ай» в начале слова встречается чаще.