Фамилия Шайхин — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Она образована по модели «тюркское имя + -ин», а не по более распространённой славянской модели «прозвище + -ин». Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: «чей?» — Шайхин, то есть сын или потомок человека по имени Шайх. Это типичная русская фамилия, но с явным восточным следом в основе.

Корень — «Шайх» — восходит к арабскому слову «шейх» (شيخ), которое в тюркских языках, особенно у татар, башкир и народов Кавказа, закрепилось как личное имя. Шейх — это старейшина, глава рода, религиозный наставник или учёный. В дореволюционной России имя Шайх (иногда в формах Шайхи, Шайхутдин) давали мальчикам в семьях, где уважали духовное знание и старшинство. Таким образом, первый носитель фамилии Шайхин, скорее всего, был сыном или внуком человека, которого звали Шайх, а не носителем какого-то прозвища.

Географически фамилия Шайхин привязана к регионам, где исторически жили тюркские народы и где шла активная русификация имён: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, отчасти Западная Сибирь. Встречается она и у русских, но с большой вероятностью указывает на смешанные корни или на предка, принявшего православие из тюркской среды. В отличие от фамилий вроде Шайхутдинов, которые сохранили полную арабскую форму, Шайхин — результат более короткого бытового сокращения, что тоже говорит в пользу его давнего укоренения в русскоязычной среде.

Стоит заметить, что, хотя по звучанию фамилию можно спутать с еврейской (ср. Шай, Шайкин), этимология здесь иная. Еврейские фамилии на -ин обычно от имён Шая, Шай (уменьшительное от Ишаягу), а тюркский Шайхин — от «шейх». Другой редкий вариант происхождения — от прозвища Шайка (ватага, группа людей), но он менее вероятен: суффикс -ин в таком случае дал бы фамилию Шайкин, а не Шайхин. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — через личное имя Шайх.