Фамилия Шайхудинов образована от мусульманского мужского имени Шайхудин, которое состоит из двух компонентов: «шайх» - «старец, духовный глава» и «дин» - «религия, вера». Подобная фамилия, по данным различных источников, была распространена в Узбекистане. Скорее всего, она принадлежала отпрыску известной династии служителей культа и религиозных деятелей.