Фамилия Шайхутов — один из ярких примеров того, как в русской фамилии сохранилась память об арабском или тюркском имени. Её основа — мужское имя Шайхут, которое представляет собой форму с уменьшительным или ласкательным тюркским суффиксом -ут. Само имя восходит к арабскому «шайх» (шейх) — «старейшина», «глава рода», «уважаемый человек», а в религиозной среде — «знаток ислама», «духовный наставник». Таким образом, буквально Шайхут можно перевести как «маленький шейх» или «сын шейха», что было типичной моделью для прозвищ и имён в тюркской среде.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, то есть Шайхутов — «сын Шайхута». Эта модель — самая распространённая в русском языке, что указывает на то, что фамилия возникла на территории России, скорее всего, в среде татар, башкир или других тюркских народов, принявших православие или долгое время живших в русскоязычном окружении. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах с исторически смешанным населением.

Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от прямого «Шейхов» или «Шайхов», форма «Шайхутов» сохранила более старую, нестяжённую морфологию. Суффикс -ут в основе — редкая деталь: он не типичен для русских прозвищ, но характерен для тюркских имён (сравните с именами Гайнут, Габдут, Хайрут). Это делает фамилию Шайхутов ценной для лингвистов: по ней можно проследить, как тюркское имя переходило в русский фамильный формант.

Социальный статус первых носителей определить сложно. Имя Шейх (и его производные) в тюркской среде носили не только духовные лица, но и светские старейшины, богатые крестьяне или ремесленники. Поэтому Шайхутовыми могли быть как потомки мулл, так и обычные земледельцы, получившие прозвище за уважение в общине. В дореволюционных переписях фамилия не была широко распространена, что говорит о её локальном бытовании.

В современной России фамилия Шайхутов — редкая, но не исчезающая. Её носители живут в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской, Челябинской и Тюменской областях. Встречаются варианты написания с одной «т» (Шайхутов) и с удвоенной (Шайхуттов), но грамматически верным считается первый вариант, так как суффикс -ут не требует удвоения.