Фамилия Шайхутдиов — редкий и, скорее всего, искажённый вариант написания более распространённой фамилии Шайхутдинов. Ошибка в одну букву (пропуск буквы «н») в корне меняет восприятие, но не происхождение. В основе лежит арабское имя Шайхутдин (или Шейхутдин), которое состоит из двух частей: «шайх» (старейшина, почтенный человек, религиозный авторитет) и «дин» (вера, религия). Вместе имя означает «старейшина веры» или «наставник в религии».

Модель образования фамилии типична для тюрко-татарской и башкирской ономастики. К личному имени Шайхутдин добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «сын Шайхутдина». В полной форме фамилия звучит как Шайхутдинов, где суффикс -ин- — это часть основы имени (Шайхутдин), а -ов — уже родовой показатель. Пропуск «н» в фамилии Шайхутдиов — это либо описка при записи в документах (например, в советских паспортных столах), либо региональная особенность произношения, где конечный звук «н» мог редуцироваться.

Предки носителя такой фамилии, скорее всего, были мусульманами из числа татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья. Имя Шайхутдин давали в семьях, где ценили религиозное образование и уважали духовных лидеров. Поэтому родоначальник мог быть муллой, учителем в медресе или просто набожным человеком, которого в общине почитали за мудрость.

Географически фамилия Шайхутдинов (и её редкий вариант Шайхутдиов) встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской, Челябинской и Ульяновской областях. Сравнение с однокоренными фамилиями (Шайхутдинов, Шейхутдинов) показывает, что вариант с пропуском «н» — исключение, а не норма, и его носители, вероятно, сталкивались с путаницей при оформлении документов.

В ономастических справочниках, например в работах А. Суперанской по тюркским фамилиям, модель «имя + -ов» описывается как основная для адаптации мусульманских имён в русской среде. Фамилия Шайхутдиов — частный случай этой модели, осложнённый графической ошибкой.