Фамилия Шайхутдинова образована от мусульманского мужского имени Шайх, которое переводится на русский язык как «старец, духовный глава», и арабского элемента «дин» в значении «религия, вера», часто присоединяемого к восточным фамилиям. Подобная фамилия, по данным различных источников, была распространена в Узбекистане. Скорее всего, она принадлежала отпрыску известной династии служителей культа и религиозных деятелей. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шайхутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.