Фамилия Шайхунарова — яркий пример того, как русская модель фамилии «наложилась» на арабо-тюркское имя. Её основа — мужское имя Шайхунар, которое состоит из двух частей: «шайх» (араб. «старец», «вождь», «предводитель») и «унар» (от тюркского «он», «десять» или «унар» — «десятичный»). В тюркской традиции такие составные имена могли означать «предводитель десяти» или «вождь десятка» — возможно, речь шла о военном или административном звании в кочевых обществах, где десяток был базовой единицей. Другая, менее вероятная версия, связывает «унар» с башкирским или татарским «ун» (голос), тогда имя трактовали бы как «вождь с громким голосом», но это выглядит натяжкой.

Суффикс -ов, перешедший в женский род как -ова, типичен для русских фамилий, образованных от отчества. То есть исходная мужская форма — Шайхунаров — означала «сын Шайхунара». Фамилия явно сформировалась в среде, где русская административная машина фиксировала тюркские имена по своему шаблону: к основе добавляли патронимический суффикс. Это характерно для татарских, башкирских и других тюркских народов Поволжья и Урала, которые в XVII–XIX веках массово получали фамилии подобным образом.

Географически фамилия Шайхунарова встречается прежде всего в Башкортостане, Татарстане и в прилегающих областях — Челябинской, Оренбургской. Это указывает на башкирские или татарские корни носителей. В дореволюционной России такие фамилии часто носили представители духовенства или зажиточные крестьяне, но специальных сословных привилегий имя не давало — скорее, оно отражало происхождение от уважаемого человека, возможно, старшины или муллы.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами этих регионов и остаётся относительно редкой. Это говорит о том, что родоначальник жил достаточно замкнутой общиной, а его потомки не мигрировали массово. В написании иногда встречается вариант Шайхоннарова — с буквой «о» в первом слоге, что связано с особенностями произношения в некоторых диалектах.