Фамилия Шайкиева — женская форма фамилии Шайкиев, и её разумнее всего анализировать через мужской вариант. Основа здесь — «Шайки», а суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования от имени или прозвища, оканчивающегося на «-й» (как в фамилиях Тимофеев, Алексеев). Сама фамилия явно тюркского происхождения, что типично для Поволжья, Приуралья и Кавказа, где русский суффикс прирастал к местным именам.

Корень «Шайки» восходит к тюркскому имени Шайхи, Шайхы или Шайкы. В основе лежит арабское слово «шейх» (старейшина, духовный наставник), которое через тюркские языки дало множество производных имён. Имя Шайхи в башкирской и татарской традиции означало «почтенный», «уважаемый», «подобный шейху». В казахском языке есть имя Шайкы, которое может быть вариантом того же корня или самостоятельным прозвищем от слова «шайқау» (качать, трясти) — в переносном смысле «неусидчивый», «вертлявый», но эта версия менее вероятна для фамилии.

Скорее всего, предок носителя фамилии Шайкиев получил имя Шайхи или Шайкы при рождении, а при переходе на русскую документацию (например, при переписях или вступлении в казачество) фамилию оформили по русскому образцу — с суффиксом «-ев». Географически фамилия встречается у башкир, татар, а также у народов Северного Кавказа, где суффикс «-ев» стал стандартным для тюркских и кавказских фамилий. Встречаются варианты написания: Шайхиев, Шайхов, но Шайкиев — более редкая форма с усечением конечного гласного. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, если фамилия возникла в среде казачества или мусульманской знати, но точных данных об этом нет.