Фамилия Шайкимов образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Это указывает на то, что в основе лежит личное прозвище или имя Шайким. Чтобы понять корень, нужно разобрать само слово: оно звучит как тюркское, что характерно для многих русских фамилий, возникших на территориях с татарским, башкирским или казахским влиянием.

Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского имени или прозвища Шайким. В татарском и башкирском языках «шайка» (шайкы) может означать «свободный», «вольный», а также «шалун», «проказник». Аффикс -им (как в именах Салим, Карим) мог быть частью сложного имени или прозвища, обозначающего «мой вольный» или «мой шалун». Впрочем, возможно и другое толкование: в некоторых тюркских диалектах «шай» связано со словом «радость», «веселье», и тогда Шайким — «мой весельчак». Таким образом, фамилия Шайкимов изначально указывала на потомка человека, носившего прозвище с оттенком живости, свободы или озорства.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, особенно среди татар, башкир и мишарей, а также в смешанных русско-татарских семьях. Это подтверждает её тюркские корни. Стоит обратить внимание на суффикс -ов, а не -ев или -ин: он показывает, что основа заканчивалась на твёрдый согласный (Шайким), что типично для адаптации тюркских имён в русской среде. Если бы основа была на -а или -я, мы бы получили Шайкимин, но здесь именно мужская модель на согласный.

В отличие от фамилий, образованных от канонических христианских имён (Иванов, Петров), Шайкимов несёт в себе следы дохристианского, языческого или мусульманского именования. Прозвище Шайким не зафиксировано в православных святцах, что говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были тюркоязычными или приняли православие позже, сохранив в роду исходное имя. Это редкая фамилия, не входящая в списки самых распространённых, что делает её особенно ценной для изучения локальной истории.