Фамилия Шайкомалов — редкая и с трудом поддающаяся однозначному толкованию. В ней отчетливо выделяется корень «шайкомал-», за которым следует стандартный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шайкомала). Вся сложность в происхождении самой основы.

Скорее всего, перед нами составное прозвище из двух тюркских слов. Первая часть — «шайка» (в тюркских языках, например, в казахском или башкирском, это слово может означать «шайка», «ватага», «группа», но также имеет значение «сорока» — птица). Вторая часть — «мал» (скот, имущество, богатство). Таким образом, Шайкомал — это человек, владеющий «сорочьим добром» или «добычей ватаги». Впрочем, более вероятно бытовое прозвище: «шайка-мал» могли назвать человека, который собирал или разводил скот нечестным путем, или же того, у кого скотина была пестрой, «как сорока».

Есть и другая версия, менее экзотичная. Фамилия могла образоваться от имени Шайкомал, где «Шай» — это сокращение от арабского «шайх» (старейшина, почтенный человек), а «мал» — всё то же «имущество». Тогда имя переводится как «богатый старейшина». Такие составные имена встречались у татар и башкир.

Географически фамилия Шайкомалов тяготеет к регионам с тюркским населением — Оренбургская область, Башкортостан, Татарстан. Встречается она крайне редко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, один человек с прозвищем Шайкомал дал начало цепочке потомков в небольшой деревне или ауле. Сословно предки Шайкомаловых, вероятнее всего, были государственными или ясачными крестьянами, либо казаками — в тех краях границы сословий были размыты.

В написании фамилии возможны варианты: Шайкомалов и Шайкомаллов (с удвоенной «л»). Двойное «л» могло появиться под влиянием русской письменной традиции или как указание на ударение — в исходном прозвище оно обычно падает на последний слог: Шайкомал.