Фамилия Шаймурадов — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать не через славянскую модель, а через арабо-персидский и тюркский именник. Основа здесь — составное мужское имя Шаймурат, которое образовано слиянием двух компонентов: «шай» (от арабского «шайх» — старец, почтенный человек, глава рода, а в более широком смысле — духовный лидер) и «мурат» (от арабского «мурад» — желание, цель, намерение). В сумме имя Шаймурат можно перевести как «желанный старец» или «цель почтенного», что в мусульманской традиции звучало как благое пожелание ребёнку — стать уважаемым человеком, оправдать надежды.

Суффикс -ов в этой фамилии — типичный русский патронимический показатель, который присоединялся к тюркским именам при переходе в русскую канцелярскую среду, особенно после введения всеобщей переписи и паспортизации в XIX — начале XX века. То есть Шаймурадов буквально означает «сын Шаймурата» или «потомок Шаймурата». Если бы фамилия оформлялась по тюркской модели, она могла бы звучать как Шаймуратов или Шаймурадлы, но русская административная традиция закрепила именно форму на -ов.

Географически фамилия Шаймурадов наиболее характерна для башкир и татар, а также встречается среди других тюркских народов Поволжья и Урала. У башкир имя Шаймурат было распространённым, и именно из этой среды известен самый знаменитый носитель фамилии — генерал-майор Минигали Шаймурадов, командир 112-й Башкирской кавалерийской дивизии, герой Великой Отечественной войны. Его пример показывает, что фамилия не была редкой или случайной, а принадлежала к числу устоявшихся родовых имён в башкирской среде.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия, что первый компонент «шай» может восходить к персидскому «шах» (царь, правитель), но в сочетании с «мурат» это давало бы слишком пафосное «царское желание», что для личного имени менее характерно, чем скромное «почтенный старец». Поэтому версия с «шайх» считается основной.

Таким образом, предки носителей фамилии Шаймурадов с высокой долей вероятности были тюрками-мусульманами (башкирами или татарами), а сама фамилия — это русифицированная форма отчества, закрепившаяся за потомками человека по имени Шаймурат.