Фамилия Шайниди — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу бросается в глаза нехарактерное для русских фамилий окончание -иди. Оно указывает на греческое или новогреческое влияние: в греческом языке суффикс -ίδης (-идис) образует отчества и фамилии, означая «сын такого-то» или «потомок». Таким образом, Шайниди — это фамилия греческого корня, адаптированная в русской среде через усечение конечного «с» (Шайнидис → Шайниди).

Основа «Шайн-» вызывает вопросы. Наиболее вероятная версия: это русифицированная передача греческой фамилии Σαΐνης (Саинис) или Σαΐνίδης (Саинидис). В таком случае корень восходит к турецкому слову «şahin» (сокол, ястреб), которое через османское влияние попало в греческий язык. Фамилия могла означать прозвище человека, похожего на сокола — быстрого, зоркого или гордого. Менее вероятна связь с арабским именем Шайн (красота, достоинство), так как сочетание греческого суффикса с арабским корнем встречается редко.

Географически фамилия Шайниди тяготеет к югу России и Украины — регионам, где исторически селились греки (Приазовье, Крым, Одесская область). Предки современных носителей, скорее всего, были понтийскими или малоазийскими греками, переселившимися в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Среди них встречались торговцы, ремесленники и земледельцы, но сословного единообразия не было.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине: «Иван Шайниди», «у Петра Шайниди». Если же речь о женщине, фамилия также остаётся неизменной: «Анна Шайниди». В греческом оригинале форма могла различаться по родам, но в русской традиции это нивелировалось.