Фамилия Шаюнусов — редкий пример фамилии, образованной от двусоставного тюркского имени. Её основа восходит к имени Шаюнус, которое, в свою очередь, является фонетическим вариантом арабского имени Юнус (библейский пророк Иона). В тюркской среде, особенно у татар и башкир, к имени Юнус часто добавляли уважительный компонент «ша» (от персидского «шах» — господин, владыка). Так возникло имя Шаюнус — «господин Юнус» или «почтенный Юнус».

Фамилию построили по стандартной русской модели: к основе Шаюнус прибавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Шаюнусов — это «сын Шаюнуса». Суффикс -ов характерен для фамилий, возникших в среде крещёных татар, а также у многих народов Поволжья и Урала, попавших в орбиту русского делопроизводства в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий типа Юнусов, форма с начальным «ша» встречается значительно реже. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, был человеком заметным в своей общине — либо духовным лицом, либо уважаемым старейшиной, к имени которого община добавила почётную приставку. Встречаются единичные записи этой фамилии в метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний, что подтверждает её башкирские или татарские корни.

С точки зрения словообразования, фамилия Шаюнусов стоит в одном ряду с такими редкими вариантами, как Шагидуллин (от «шах» + «Гидулла») или Шаяхметов, где первый компонент также указывает на высокий статус или уважение к названному лицу.