Фамилия Шаюсупова — редкий пример, где за русским суффиксом скрывается сложная восточная основа. Скорее всего, перед нами исламизированная фамилия, образованная от личного имени Шаюсуп. Это имя — результат сращения двух компонентов: «Ша» (сокращение от «шах» или «ша», почетный титул) и «Юсуп» — тюркская и кавказская форма библейского и коранического имени Юсуф (Иосиф). Таким образом, имя Шаюсуп можно перевести как «господин Юсуп» или «царственный Иосиф», что указывает на уважительное отношение к носителю имени.

Модель образования фамилии — типично русская, с суффиксом -ов (в женском роде -ова), который в данном случае прикрепился к восточному корню. Это говорит о том, что предок носительницы фамилии жил в среде, где русская административная система фиксировала фамилии по отчеству или прозвищу, но с сохранением исходного тюркского или кавказского имени. Суффикс -ов в таких фамилиях часто указывает на принадлежность к крестьянскому или казачьему сословию, где подобные образования были обычны при переходе от отчества к наследственной фамилии.

Географически фамилия Шаюсуповых тяготеет к регионам Северного Кавказа, Поволжья или юга России — местам, где исламские и тюркские имена смешивались с русской фамильной традицией. Возможно, предки были татарами, башкирами, чеченцами, ингушами или представителями других народов, принявших русскую фамильную модель. Встречается вариант написания через «и» — Шаюсупин, но он менее распространен: суффикс -ин обычно дают основам на -а или -я, а здесь исходное имя заканчивается на согласный, поэтому -ов логичнее.

В отличие от многих фамилий с однозначной этимологией, здесь есть оттенок двойственности: имя Шаюсуп могло быть не только личным, но и прозвищем, данным за уважение или за внешнее сходство с неким Юсупом. Однако версия с прямым именем более правдоподобна, так как в народной среде редко создавали прозвища из двух частей с титулом — скорее, это было полноценное имя, данное при рождении. Фамилия остается редкой, и её носители, вероятно, могут проследить свои корни до конкретного рода, где имя Шаюсуп передавалось из поколения в поколение, пока не закрепилось как фамильное.