Фамилия Шайжанов — редкий пример, где тюркская основа встретилась с русским суффиксом принадлежности. Её ядро — мужское имя Шайжан, которое бытует у нескольких тюркских народов (казахов, киргизов, башкир, татар). Имя составное: первая часть «шай» восходит к арабскому «шах» — «царь, правитель, господин», вторая «жан» (из персидского «джан») — «душа, жизнь». Вместе Шайжан можно перевести как «господин души» или «царственная душа» — типичное для Востока почтительное или ласкательное именование.

Русский суффикс -ов превратил имя в фамилию по стандартной модели: Шайжан → Шайжанов, то есть «сын (или потомок) Шайжана». В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, здесь сработал твёрдый вариант, как у Дмитрий → Дмитров (хотя в разговорной речи встречается и Шайжанов, и Шайжанин).

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население исторически соседствовало с тюркским: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, Челябинская область. Встречается она и у поволжских татар, и у казахов, принявших православие. Встречаются варианты написания — Шайжанов и реже Шайжанов (с ударением на второй слог). Путаница с ударением возникает из-за того, что в исходном имени ударение падает на последний слог (Шайжан), а в фамилии оно смещается на предпоследний по русской грамматической инерции.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России Шайжановых немного — фамилия не входит даже в первую тысячу по распространённости, что делает её хорошим маркером региональных и этнических корней.