Фамилия Щаблыгин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Если отбросить патронимический суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Щаблыгин, то есть сын Щаблыги), в центре оказывается прозвище или имя Щаблыга. Его происхождение спорно, но наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «щаблить» или «щаболить». В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, «щаболить» означало «чесать», «скрести», «драть», а также «говорить вздор, пустословить». Соответственно, Щаблыгой могли прозвать либо человека, который постоянно чесался (возможно, из-за кожной болезни), либо, в переносном смысле, болтуна и пустомелю. Прозвища по физическим особенностям или манере поведения — один из самых древних пластов русских фамилий, так что эта версия выглядит правдоподобной.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий встречаются корни со звучанием «щаб» или «шаб», означающие «ночь» или «темный». Однако в таком случае фамилия должна была бы иметь другую, более характерную для тюркских заимствований суффиксацию (например, Щабаев, Щабатов). Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я, поэтому Щаблыгин — стопроцентно русская по форме фамилия, даже если корень заимствован.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России: встречается в Воронежской, Тамбовской, Липецкой областях. Это косвенно подтверждает диалектную природу основы — именно в этих краях фиксировались говоры с глаголом «щаболить». В сравнении с однокоренными фамилиями (Щаблин, Щаболов) вариант Щаблыгин стоит особняком: суффикс -ыг- в прозвище (Щаблыга) — редкий словообразовательный элемент, встречающийся в единичных случаях (ср. Костыга, Болдыга). Он придавал прозвищу оттенок грубоватости или пренебрежения, что типично для неофициальных именований крестьянской среды.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или однодворческая. Однодворцы — особая категория служилых людей на южных рубежах, которые часто носили прозвищные фамилии с яркой диалектной окраской. В дворянских родословных книгах Щаблыгины не значатся, что тоже говорит в пользу простонародного происхождения. Так что предок современного носителя фамилии — вероятно, крестьянин или мелкий служилый человек, получивший уличное прозвище за какую-то заметную особенность: то ли за привычку чесаться, то ли за любовь к пустым разговорам.